Avrupa Birliği ve İstanbul Uluslararası Finans Merkezi Müdürlüğü; projeler aracılığı ile AB müktesebatının yerel yönetimlere uyarlanması konusunda çalışmalar yapmak ve aynı zamanda AB fonlarından yararlanma sürecinin uygulanması suretiyle, AB uyum sürecinde idari kapasiteyi arttırmak amacıyla 17.02.2005 tarihli ve 286 sayılı Meclis Kararı ile “Avrupa Birliği İlişkileri Şube Müdürlüğü” adıyla kurulmuştur.

İstanbul Büyükşehir Belediye Meclisi’nin 12.04.2012 tarih ve 564 sayılı Kararı ile İstanbul Uluslararası Finans Merkezi ile ilgili iş ve işlemlerin yürütümü ve takibinin AB İlişkileri Şube Müdürlüğü’nün bünyesinde yapılması ve bu görevle uygunluk teşkil edecek şekilde müdürlük isminin de “Avrupa Birliği ve İstanbul Uluslararası Finans Merkezi Şube Müdürlüğü” olarak değiştirilmesi kararı alınmıştır.